T R A M AProtagonista della nostra storia è Sakura Kinomoto, una ragazzina di dieci anni allegra e solare come tante altre: frequenta, infatti, le scuole elementari della sua città natale, Tomoeda, odia la matematica ed eccelle in ginnastica, dato che fa parte del club celle ragazze pon-pon. Anche se la sua mamma, Nadeshiko Kinomoto, è morta quando lei aveva solo tre anni; la piccola Sakura può contare sempre sull'aiuto e sull'affetto del padre, Fujitaka Kinomoto, professore di archeologia all'università, e del fratello, Touya Kinomoto, più grande di lei di dieci anni e al quale, nonostante qualche piccolo litigio (lui la chiama sempre "mostriciattolo"), è molto legata. Sakura, inoltre, nutre un profondo affetto per un compagno di classe del fratello, nonché suo migliore amico, Yukito Tsukishiro, che frequenta proprio il liceo accanto alla scuola della ragazza.
Un giorno, però, la vita di Sakura viene letteralmente sconvolta dal ritrovamento, nella biblioteca del padre, del "Libro di Clow", un libro che contiene delle carte magiche, le Clow Card, che si sparpaglieranno per la città, non appena la ragazza lo apre. Subito dopo, dalla copertina dello stesso libro, esce un piccolo leoncino alato, Kerberos, che la ragazza chiamerà affettuosamente Kero-chan che, poichè guardiano delle carte, conferisce a Sakura dei poteri magici e la missione di recuperare, tramite uno scettro, tutte le Clow Card, prima che combinino qualche guaio e per restituire la potenza magica al guardiano.
Ed è così che cominciano le avventure della Card Captor, ed è così che si apre il manga, con la cattura di "The Jump", la carta del salto.O gni carta catturata conferisce alla nostra eroina maggiori poteri magici, e tutte le sue imprese vengono seguite dalla telecamera di Tomoyo Daidoujii, sua migliore amica, che le prepara, per altro, dei colorati e vistosi vestiti da "combattimento", e che si scoprirà essere una cugina di Sakura dal momento che le loro stesse madri erano cugine.
Ma la missione della Card Captor si complica con l'arrivo di Syaoran Li, un ragazzo cinese, lontano discendente del creatore delle carte, il signor Clow Leed,giunto a Tomoeda per catturare le carte al posto della nostra eroina e che si infatua, anche lui, di Yukito Tsukishiro.
Una volta catturate tutte e 19 le Clow Card, Sakura dovrà affrontare una difficilissima prova: si scopre, infatti che, per diventare a tutti gli effetti la nuova padrona delle carte, dovrà sconfiggere Yue, l'altro custode delle carte insieme a Kero-chan; ma Yue si scoprirà essere proprio Yukito Tsukishiro! Grazie all'aiuto della misteriosa insegnante di matematica, Kaho Mizuki, Sakura otterrà un nuovo scettro, col quale sarà in grado di sconfiggere Yue, e di diventare padrona delle carte e amica dei due custodi.
Passato un pò di tempo, nonostante Sakura sia diventata la nuova padrona delle carte, oscuri eventi si verificano ancora a Tomoeda, legati alla misteriosa presenza del signor Clow Leed, che si ritiene essere morto. E' così che la nostra Card Captor rientra in azione,sempre supportata dai due guardiani, da Tomoyo e da Syaoran, che, resosi conto che l'infatuazione per Yukito era dovuta al potere di Yue, si è accorto di provare dei profondi sentimenti per Sakura.
Intanto è arrivato nella classe della nostra eroina, un misterioso ragazzino, Eriol Hiiragizawa,che,anche se non si fa scoprire,sembra essere a conoscenza delle Clow Card e sembra possedere lui stesso i poteri di Sakura, avendo a disposizione anche due guardiani, Spinel Sun e Rubby Moon.Nel frattempo, Sakura,grazie ai suoi poteri, riesce a trasformare, una dopo l'altra,le Clow Card in Sakura Card, arrivando persino a creare un nuovo simbolo magico; ma la sua magia non è abbastanza forte per sostenere l'esistenza di Yue, che possedendo il potere della luna, e quindi di luce riflessa, sta per scomparire insieme a Yukito: per questo interviene, Touya, il fratello di Sakura, che, anche se la sorella non lo sapeva era già a conoscenza della sua missione e della vera essenza di Yukito, e decide di donargli la sua potenza magica.
Ormai quasi tutte le carte sono state trasformate, mancano solo "The Light", la luce, e "The Dark", l'oscurità, ed ecco che si fa avanti Eriol che sfida Sakura a sconfiggerlo,lanciando un incantesimo su Tomoeda, che fa addormentare tutti gli abitanti.Così, una volta entrati nello scettro Yue e Kero-chan, Sakura riesce, con l'aiuto di Syaoran, a trasformare le carte mancanti e a spezzare l'incantesimo di Eriol, che svela la sua vera natura: lui era in realtà, metà della reincarnazione del signor Clow Leed, e l'altra metà non era altri che il padre di Sakura!!! Il signor Clow Leed, poco prima di morire, aveva operato un incantesimo che lo aveva diviso in due, in modo che una parte di sè, Eriol, avrebbe potuto stare vicino al futuro padrone delle sue amate carte,che non potevano essere abbandonate. Ma qualcosa era andato storto, e tutti i poteri del signor Clow, invece di dividersi in due, erano rimasti tutti dentro una delle sue metà: occorreva quindi fare crescere i poteri del nuovo padrone, Sakura,non solo per sostentare la magia delle carte, che dato che il loro vecchio padrone era morto si stava esaurendo,ma anche per farli diventare superiori di quelli del signor Clow, in modo da poter operare un incantesimo di scissione dei poteri e, oltre all'anima e ai corpi dividere il grandissimo potere del signor Clow!
Dopo aver compiuto quest'incantesimo, non resta a Sakura,altro,c he far chiarezza sui suoi sentimenti: infatti, dopo essere stata respinta da Yukito, che prova affetto per Touya; Sakura viene a conoscenza dei sentimenti per lei, di Syaoran, e, dopo averci a lungo pensato, scopre che anche lei, in realtà prova qualcosa di molto profondo, che non aveva mai provato prima, per lui. Si conclude, così, l'avventura della nostra Card Captor!